Penubuhan MQA menjadikan sistem jaminan kualiti pengajian tinggi Malaysia terletak di bawah satu agensi tunggal yang tidak membezakan semua IPT yang terdiri daripada IPTA, IPTS, Politeknik, Kolej Komuniti, dan IPT di bawah kementerian lain. Di bawah LAN dahulu, skop penilaian jaminan kualiti hanya tertumpu kepada IPTS sahaja.
Penubuhan MQA juga adalah atas rasional untuk mewujudkan dan melaksanakan perkara utama yang menjadi ciri penting menjadikan Malaysia sebagai negara yang mempunyai reputasi baik dalam pendidikan tinggi iaitu :
a. Menubuhkan sebuah badan jaminan kualiti yang seragam, adil dan telus (MQA)
b. Membangunkan Kerangka Kelayakan Kebangsaan sebagai rujukan semua kelayakan (MQF)
c. Mewujudkan pusat maklumat yang sahih dan dipercayai (Malaysian Qualifications Register, MQR).